Куки является единственным способом отслеживания партнерского трафика и конверсий?

Совсем нет. Существует несколько платформ (под «платформой» я понимаю и программное обеспечение для организации партнерской программы, и сети), отслеживание в которых основывается не только на куки. Оно может быть привязано к корзине на сайте, IP-адресу посетителя, основываться на параметрах URL (в этом случае ID партнера встраивается в каждую ссылку) или использовать другие методы, исключающие куки. Такие приложения (для создания независимых партнерских программ), как DirectTrack, HasOffers, Impact Radius, LinkTrust и PostAffiliatePro, а также партнерские сети Affiliate Future, ClickBank и Webgains поддерживают методы отслеживания без использования куки.